(1)氨基水杨酸类药物：这类药物最便宜的是柳氮磺胺吡啶，口服后需要人体肠内细菌的帮助才能分解为5-氨基水杨酸发挥治疗作用，但是分解的另一种药物成份磺胺吡啶则对肝脏可能会有损害，因此服用该类药物的患者最后不要同时服用抗生素，并每月定期检查肝功能(转氨酶)。它们能够改变患者机体的功能，延缓炎症的进程。这类药物对轻到中度的胃肠疾病有效果，同时，也可预防该疾病的再发。
(2)糖皮质激素：这类药物主要有口服制剂强的松，重症患者也可短期使用静脉制剂。因为它的副作用较多，不推荐作为长疗程治疗或维持治疗。在选用该类药物时医生可能会就其疗效和副作用与患者详细讨论。
(3)免疫调节剂：这类药物包括硫唑嘌呤、6-巯基嘌呤(6-MP)、环孢霉素。药物通过抑制机体的免疫系统来控制炎症的继续发展。免疫调节剂适用于那些对氨基水杨酸类药物和糖皮质激素使用无效或部分有效的患者，也是目前维持治疗最好的药物之一。它也可用于减轻或消除患者对糖皮质激素的依赖。当患者对其他药物无反应时，它可能对维持疾病的缓解起作用。但该类药物一般服用3月左右开始起效，部分患者易出现白细胞降低。
(4)生物治疗：这是一类最新的治疗炎症性肠病的药物。相对于其他药物，它是一种疗效较高的一种药物，主要是阻断肠粘膜炎症反应的”开关”。这种药物起效快，能达到粘膜的长期修复，减少复发，可以帮助类固醇撤药，也是缓解期的维持用药。
北京中山医院数十名权威专家从胃肠疾病的发病根源着手研究，经过长期的坚持和努力率先研发MHR阶梯免疫重组疗法，严格采用诊断、评估、治疗、康复的国际最高标准诊疗流程，因人而异，用标准化、规范化、科学化、个性化的MHR阶梯免疫重组方案对胃肠疾病患者进行综合免疫治疗，并取得了显著的治疗效果。
